Não existe uma diferença operacional e sim quanto ao modelo contábil em suas estruturas e normas.

A Ltda. (sociedade Limitada) é a chamada Sociedade por Cotas de Responsabilidade Limitada, nesses casos as empresas possuem sócios que investem uma determinada parte do capital total destinado à empresa e a responsabilidade de cada um é proporcional ao valor investido, inclusive em caso de dívidas.

A Sociedade Anônima são empresas cujo capital é dividido em ações que são negociadas no mercado financeiro. São três as formas:

Capital Aberto – Nesse caso as ações podem ser vendidas para qualquer pessoa ou empresa no mercado financeiro, com o intuito de gerar capital.
Capital Fechado – A divisão das ações só ocorre entre os sócios/acionistas internos que ficam responsáveis em levantar o capital.

Debênture – As ações são vendidas em forma de empréstimo para outras pessoas que tem participação nos lucros, mas não se tornam dono destas ações que em um prazo determinado retornam aos acionistas.
Vamos então falar sobre algumas das principais diferenças entre as Ltda. e as S.A..

Na Administração

Na sociedade Ltda. a administração pode ser feita por uma ou mais pessoas, o que deverá estar previsto em contrato, ou é possível que a sociedade seja administrada por não sócios que sejam profissionais qualificados e atuantes em áreas de gestão empresarial, com ou sem prazos determinados, mas também deverá estar previsto no contrato.

Na S.A. os diretores poderão ser profissionais da área de Administração de Empresas que não façam parte do quadro de acionistas, mas pela lei está prevista a transitoriedade do cargo, ou seja, o mandato da diretoria ou membros do conselho não poderá ser superior a três anos, havendo a necessidade de eleição, a reeleição é permitida.

Voto

Na Ltda. O voto é direito do sócio e é proporcional a cota, ou seja, cada cota dá direito a um voto, quanto mais cotas maior o poder administrativo.

Na S.A. o voto se da por ações ordinárias nominativas, o acionista com maior numero de ações ordinárias ou preferenciais possui maior poder administrativo.

Lucros

Na Ltda. caso não tenha nenhuma regra estipulada em contrato predomina a decisão da maioria, os lucros podem ser direcionados em investimentos ou distribuídos entre os sócios.

Na S.A. a lei prevê que os acionistas recebam como dividendos obrigatoriamente uma parcela dos lucros estabelecida em estatutos.

Saída da Sociedade

NA Ltda. O quotista tem o direito de sair da sociedade, com reembolso de capital, por qualquer finalidade.

Na S.A. o acionista não pode sair por sua vontade própria, a lei prevê as hipóteses contempladas, por exemplo, redução de dividendo mínimo, fusão da companhia e outros.

No caso de falecimento de algum sócio

Na Ltda. o assunto deve ser previsto em contrato. O contrato pode determinar o não ingresso dos herdeiros na sociedade fazendo-se apenas a apuração do valor da cota, ou pode determinar a inclusão dos herdeiros que assumem a posição do sócio falecido tanto nos direitos quanto nas obrigações, embora o herdeiro não seja obrigado a entrar na sociedade.

Na S.A. os herdeiros assumem os direitos automaticamente e os exerce em nome próprio.

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